在1778年的“巴黎”交响曲之后，到1782年的第35交响曲“哈夫纳”，莫扎特再次震惊世人。“哈夫纳”如今依然是一首广受欢迎的庆典音乐。关于“哈夫纳”这个人，有说是莫扎特在萨尔茨堡的邻居，如今史料记载他曾是萨尔茨堡市的市长，与莫扎特家交情不错。莫扎特曾为哈夫纳女儿的婚礼谱过八章《哈夫纳小夜曲》，在1882年哈夫纳封爵典礼上，莫扎特再次献上《哈夫纳交响曲》。这部交响曲与之前的小夜曲相似。其时他的交响曲已有四乐章，最后的疾风骤雨般的“回旋奏鸣曲”叫人印象深刻。庆典音乐几乎都是作曲家们赚外快的应景之作，这首乐曲却精细而丰富，润物无痕，进一步开拓了莫扎特的交响音乐写作。
旅行中的莫扎特很少带乐谱，如有需要便临时一挥而就，即便如此对付竟也写出了不少流传千古的佳作。1783年，他27岁，路过林茨，留下了《林茨交响曲》。林茨的图恩伯爵是一位音乐爱好者，强烈建议他留在此地开个专场音乐会，莫扎特花了四天写完这首献给图恩伯爵的交响曲，个人专场也搞得风风火火。《林茨交响曲》的四个乐章技艺精湛，赏心悦目，可听见海顿式的轻快典雅的和声织体。它的轻盈均衡即便在经典音乐中也堪称经典。
第38交响曲“布拉格”可不是临时抱佛脚的曲子。莫扎特在布拉格度过了一生中最欢乐的时光。这个浪漫的城市对他痴迷若狂。“布拉格”交响曲是与《费加罗的婚礼》一同上演的，这首交响曲充满了戏剧力量，乐曲中的喜歌剧气息，叫人听完了直想着去排队再看他的歌剧。其中的戏剧情感令音乐突破了交响曲的既有结构，它回归至三乐章交响曲，巨庞大的第一乐章附带一个漫长的引子，如此显得第三乐章有些虎头蛇尾，而被莫扎特专家排除在莫扎特三大交响曲之外。但这三个乐章都见证了莫扎特的天才比其他的维也纳音乐家不是多一点点。引子的调性衔接，明暗交替，烫贴入心；第一乐章的主题经历丰富的情感演变，且主题之间严丝合缝。第二乐章的G 大调行板，类似咏叹调的主题给莫扎特变出幻想曲般的半音阶音流。末乐章是他拿手的热闹曲风。相比少年时代的作品，这些乐曲逐渐流露真挚质朴的德奥式坚定气质。即使他真心爱慕华丽欢腾的意大利风格，他也毕竟是耿直的德国人，与那些在维也纳结帮混日子的意大利音乐家完全不同。他从小耳听八方，兴趣广泛，不保守，不浮夸，这首交响曲就是证明，此处意大利风格与德奥气质融合得天衣无缝。
晚期的三首交响曲，第39、40和41，都作于1788年，在两个月里写完。三首各有所长。第39交响曲被人们称作“天鹅之歌”。这支乐曲或许没有惊人之处。但它的适度、从容、通透，不得增减一分的骨肉均匀，值得反复咂摸回味。它的结构变得自由，细部精细而丰富，将莫扎特的轻盈机智发挥至极。第40交响曲如今是莫扎特的名片，那个著名的主题被到处改编。第41交响曲，同样是一首四乐章交响曲，出人意料的是第四乐章中出现了五个主题的五声部赋格，与贝多芬的晚期作品一起并列为古典音乐时期的对位法巅峰之作。大师们到了晚年不约而同地回到古老的对位法，回到对位法的多义与包容。听这首第41交响曲，会想起莫扎特几十年中音乐写作的变化。从早期的华丽的装饰性风格，到此时缜密、层叠开展的内心激情；从早期音乐会附属品之类的管弦乐曲，写到如此结构丰满的音乐会重头戏；莫扎特与海顿的交响曲，直接塑造并定义了德奥交响曲。首先是形式的改变，莫扎特最初的交响曲，采用轻松的意大利式写法，类似音乐会序曲：第一乐章为主体，第二乐章是如歌的小乐章，第三乐章以热烈的快板结束全曲。莫扎特为末乐章之前添了一首小步舞曲。他在形式中探寻一种具有丰富陈述能力与表现意味的音乐结构，在这结构中塑造音乐的生命。但仅有形式是不够的，所谓的交响性来自音乐的精神。他的后期交响曲，在意大利式喜歌剧的搞笑惬意中，生长出德国式的悲哀、稳健及内心冲突，始终充满活力。如这首第41交响曲，我们在此听见了20多年之后贝多芬式的深沉思虑，不同的是风格，莫扎特以更愉悦的织体诉诸听觉。英国乐评人约翰·格罗夫爵士说：“在这终章里，莫扎特隐含了自己所有科学知识，而隐瞒这知识的力量也是无人能及的，令这科学成为取悦人的音乐。”